La MT-03 è spinta da un motore bicilindrico in linea da 321 cc, 4 tempi, DOHC (distribuzione a doppio albero a camme in testa), 4 valvole e raffreddato a liquido; questo propulsore deriva da quello della YZF-R3, ma è stato modificato per essere più idoneo alla guida in città. Per aumentare l’efficienza del motore sono stati adottati pistoni leggeri forgiati, bielle in acciaio al carburo e un nuovo layout della camera di combustione. Anche il telaio (a tubi d’acciaio) deriva dalla “sorella” sportiva YZF-R3, ma i progettisti sono riusciti a ridurre al minimo il peso utilizzando il basamento del motore come elemento portante. I cerchi sono in alluminio pressofuso a 10 razze e calzano gomme da 140/70-17 al posteriore e 110/70-17 all’anteriore. La frenata è affidata ad un disco anteriore flottante da 298 mm, morso da una pinza a due pistoncini, e ad uno da 220 mm al posteriore. L’impianto ABS è di serie. Per quanto riguarda la ciclistica troviamo un forcella anteriore di tipo tradizionale, con steli da 41 mm a leveraggio progressivo, e sospensione posteriore Monocross. La strumentazione è composta da un tachimetro digitale affiancato dal contagiri analogico, oltre ad un indicatore dei tempi di cambiata. Oltre all’indicazione della velocità, sul display sono presenti il livello del carburante, l’indicatore della temperatura dell'acqua, l’orologio, il consumo in tempo reale e quello medio del carburante, orologio, due “trip”, l’indicatore di cambio olio e quello della marcia inserita.
