Parte subito Marquez in compagnia di Daniel Pedrosa, seguiti da Valentino Rossi e Andrea Iannone. Invece, Jorge Lorenzo attende un attimo per partire in modo da avere pista libera. Entra anche Danilo Petrucci che nelle FP4 ha distrutto la moto in un incidente per fortuna senza conseguenze per lui. Marquez non indugia e firma subito un ottimo tempo (1'43”905), con un vantaggio di un secondo su Pedrosa che lo segue. Intanto, Rossi taglia il traguardo terzo, mentre Jorge Lorenzo chiude il suo giro veloce secono in 1'44”452, distante 5 decimi da Marquez. Contatto fra Marquez e Barbera, il quale è costretto ad allargare. Rossi prova un attacco al cronometro ma fa segnare un 1'45”138 che lo porta al quinto posto, dietro Viñales. Il Cabroncito si ferma ai box a 6 minuti dal termine insieme al Dottore, che chiede di cambiare le gomme medie con cui dice di avere dei problemi: monta quindi la soft sul posteriore e sempre la media sull'anteriore. Intanto, sempre ai box, problema per Viñales che prende la seconda moto che monta una gomma soft sul posteriore. Dovizioso finora non riesce a distinguersi, è ultimo con 11 secondi di distacco. Marc Marquez torna in pista per provare a migliorarsi. Pedrosa è terzo. Petrucci vola prendendosi il quarto posto. Barbera prende la scia di Vinales e conclude con il secondo miglior tempo, ma viene subito spodestato da Lorenzo che si riprende la sua posizione precedente. Marquez si migliora ancora e firma un ottimo 1'43”589, distaccandosi di 4 decimi da Lorenzo che poco prima era riuscito a cucire un po' il distacco. Valentino Rossi ferma il cronometro a 1'44”324 e domani partirà quindi quinto, per via del crono di 735 millesimi peggiore rispetto a quello di Marquez. Viñales chiude sesto.
Per Marquez questa è la terza pol position del 2016 e la sua prima su questo circuito da quando corre in MotoGP. Il suo tempo è ovviamente anche il nuovo record della pista, dato che è la prima volta che si corre con la configurazione "Formula1". Il Cabroncito dedica la pole position alla sua nonna, scomparsa la settimana scorsa.