La Yamaha MT-09 festeggia il suo decimo anniversario con un profondo restyling. Basato sul concetto di "guida a 3D" sviluppato da Yamaha, la scocca della nuova MT-09 è dominata dal faro a LED, incastonato in una cover, che crea una relazione più omogenea tra il faro e il serbatoio del carburante e trae ispirazione dalla MT originale: una miscela di "Naked" e "Motard".
Il doppio faro del proiettore a LED è stato migliorato, con un profilo più compatto e sottile rispetto al modello precedente. Il serbatoio, anch’esso nuovo, è progettato per favorire una posizione di guida più attiva. Unitamente alle linee, la nuova MT-09 guadagna una posizione di guida aggiornata: il manubrio è ora più basso e può essere regolato su due posizioni in base al proprio stile di guida, le pedane sono arretrate di 30,6 mm e rialzate (+9,5 mm) con l'altezza che può essere regolata in due posizioni. Restando in tema triangolazione, la sella viene separata, con due sedute indipendenti per pilota e passeggero. Una presa USB di tipo C è installata sotto la sella per consentire la ricarica di apparecchiature elettroniche.
Aumenta l’angolo di sterzo grazie al serbatoio del carburante dal profilo più slim. Le leve di freno posteriore e cambio sono realizzate in alluminio forgiato, che oltre a donarle un aspetto premium sono state riviste per essere più funzionali, in particolare la leva del cambio, appiattita per rendere il movimento del piede più fluido.