Il bicilindrico Superquadro di 955 cc della Panigale V2 è conforme alla normativa Euro 5. Con i suoi 155 CV a 10.750 giri/minuto e con una coppia di 104 Nm a 9.000 giri/minuto, rispetto al motore della 959 Panigale, il propulsore della V2 eroga una potenza di 5 CV superiore e 2 Nm di coppia in più. Il motore è abbinato a un nuovo silenziatore di scarico il cui design, compatto e integrato, si sviluppa interamente sotto al motore.
L’incremento prestazionale è legato principalmente ai nuovi iniettori, due per cilindro, uno sopra e uno sotto farfalla, di taglia maggiore e diverso angolo di lavoro, e ai nuovi condotti di aspirazione, che a parità di portata, hanno una perdita di pressione inferiore rispetto ai precedenti. Invariata la dimensione dei corpi farfallati di sezione ovale e di 62 mm di diametro. I corpi farfallati sono comandati mediante un sistema full Ride by Wire in modo indipendente l’uno dall’altro.
Il motore della Panigale V2 è elemento strutturale del telaio. I cilindri sono disposti a 90° e ruotati all'indietro intorno all’asse dell’albero motore fino ad ottenere un angolo di 21° tra il cilindro anteriore e il piano orizzontale. Le due teste e i coperchi superiori in alluminio presentano delle nervature per ridurre la rumorosità meccanica. I carter del motore sono ottenuti per pressofusione sottovuoto. Il coperchio del carter e quello della frizione, come la coppa dell’olio, sono tutti pressofusi in lega di alluminio.
Il Superquadro utilizza bronzine di banco per l'albero motore, la cui lubrificazione avviene mediante olio in pressione immesso attraverso opportune canalizzazioni interne del basamento. In questo modo si assicura la lubrificazione dell‘albero motore, seguita da un recupero dell'olio grazie a una pompa a lobi che mette in depressione il vano imbiellaggio, come nei motori utilizzati per le competizioni MotoGP. La pompa, movimentata da un albero trascinato da una cascata di ruote dentate, mantiene la zona del carter motore sottostante i pistoni in condizioni controllate di depressione costante, riducendo la resistenza che l’imbiellaggio incontra nel suo moto rotatorio a regimi molto elevati e assicurando un efficace recupero dell’olio di lubrificazione in qualsiasi condizione di utilizzo del motore.
Il rapporto di compressione è di 12,5:1 e la cilindrata di 955 cc è ottenuta con una corsa di 60,8 mm e un alesaggio di 100 mm. I 100 mm di alesaggio consentono diametri valvole importanti: 41.8 mm per quella di aspirazione e 34 mm per quella di scarico. Le valvole sono comandate dal sistema Desmodromico con bilancieri di derivazione sportiva, “superfiniti” e rivestiti con un coating speciale DLC (Diamond-like Carbon). La trasmissione è affidata a un cambio a sei marce con sistema Ducati Quick Shift up/down EVO 2, affiancato a una frizione a bagno d'olio. La frizione è dotata di un sistema di anti-saltellamento e asservimento progressivo.
Il nuovo silenziatore sfrutta un nuovo layout interno pensato per abbattere i picchi di rumorosità. Questo ha permesso di ridurne sensibilmente le dimensioni rispetto all’impianto della 959 Panigale Euro 4. Il nuovo silenziatore ospita anche due catalizzatori più grandi che consentono di rispettare i limiti di emissioni imposti dalla normativa Euro 5.
