Il 2016 è stato meno semplice del 2015 per il pilota di Cannes. Lo svizzero Tom Luthi ha infatti preso la vetta della classifica Moto2 con
la vittoria in Qatar, ma Zarco si è affrettato a ribadire di essere il campione in carica, prendendosi la
vittoria nella gara successiva, in argentina. Alex Rins è stato il pilota con l'inizio di campionato più difficile, sempre lontano dal podio, ma
in Texas lo spagnolo ha vinto la sua prima gara dell'anno, così si è accesa la lotta. Negli appuntamenti in
Spagna e
Francia Zarco ha raccolto solo 11 punti, ma ha inanellato una striscia vincente durante quattro delle cinque gare dall’Italia in poi (trionfi al
Mugello, in
Catalunya,
Germania e
Austria, con il 2° posto in
Olanda). Dopo la gara al Red Bull Ring, Zarco era in testa al campionato con 34 punti di vantaggio. Poi il suo "regno" ha cominciato a scricchiolare:
Brno ha visto il francese in pole con l'asciutto, ma il giorno della gara il meteo era tutt'altro e sono arrivati solo 5 punti! Durante una battaglia con Sam Lowes per il podio a
Silverstone, il francese ha causato un incidente, andando a finire nella ghiaia con il britannico. Lowes è caduto, Zarco è ripartito, ma al francese è stata data una penalità di 30 secondi per l'incidente. Morale? 22°. Zarco ha disputato una buona
gara a Misano, finendo quarto, pur partendo dalla pole; ma nel
GP di Aragona, il fine settimana successivo, per il campione in carica la situazione si è fatta più difficile: qualificazione in quinta casella e ottavo sotto alla bandiera a scacchi. Un altro piccolo guadagno per Rins nella lotta al titolo.
Zarco è stato poi di nuovo sul podio al Twin Ring di Motegi dietro al nuovo sfidante di campionato Tom Luthi, che ha conquistato la vittoria. Il francese ha avuto un fine settimana difficile a
Phillip Island, finendo fuori dalla Top 10, e Luthi è stato il rivale chiave, vincendo la corsa su Morbidelli dopo un incredibile fotofinish. Zarco ha un nuovo rivale nella nella lotta per il secondo titolo, ma con 22 punti di vantaggio su Luthi, quando il circus si è diretto verso
Sepang Zarco potrebbe pensare ad amministrare. Invece vince gara e titolo..