Disponibili anche nella versione con frizione manuale, le CB650R e CBR650R sono le prime moto Honda dotate della nuova tecnologia E‑Clutch (frizione a controllo elettronico). Essa combina elementi delle frizioni manuali tradizionali con la tecnologia e le prestazioni del Quickshifter e del Dual Clutch Transmission, rispetto ai quali si pone nel mezzo, per creare una nuova concezione di cambio marcia.
Nell’operatività, la frizione elettronica Honda E-Clutch permette partenze, cambiate, scalate e stop, usando il solo comando a pedale, senza azionamento della leva al manubrio. Per partire, una volta inserita la marcia con il pedale del cambio, è sufficiente dare gas e il sistema rilascia automaticamente la frizione, eliminando a detta di Honda al 100% la possibilità di far spegnere il motore per errore. Lo stesso principio resta valido quando si cambiano i rapporti in movimento: il pilota deve semplicemente azionare il pedale del cambio, e il sistema elettronico gestirà lui le cambiate, azionando la frizione nel migliore dei modi. L'elettronica permette, attraverso un attuatore, di calibrare in maniera esatta l'intervento della frizione e gestire il punto di "stacco" in relazione ai parametri di guida, eliminando l'errore umano dovuto alla minor precisione dell'azionamento manuale.
Lo stesso avviene al momento di fermarsi: si scalano le marce e ci si ferma, pensa l’E‑Clutch a “tirare” la frizione scongiurando qualsiasi possibilità che il motore si spenga. La frizione è gestita attraverso un'unità attuatrice, simile a quelle utilizzate nei cambi Dual Clutch Honda, alloggiata all'interno del coperchio destro del carter motore. Il peso totale del sistema è di soli 2 kg.
Esteticamente non cambia nulla rispetto ad una moto con frizione tradizionale, poichè la leva con comando a cavo è sempre disponibile e il pilota può azionarla in qualsiasi momento. L’azionamento manuale ha sempre priorità rispetto all’azionamento elettronico, proprio per lasciare al pilota la massima libertà. Si può perfino regolare la forza di contrasto sul pedale del cambio, a seconda della forza che si desidera applicare per effettuare i cambi marcia e le scalate. I livelli disponibili sono tre, Hard, Medium e Soft, tutti selezionabili in maniera indipendente per inserimento marce o scalate.
