Se naked indica semplicemente la mancanza di una qualsivoglia appendice aerodinamica, l'aspetto motard è caratterizzato da una posizione di guida caratteristica delle supermoto, con il manubrio largo, pedane arretrate e sella dai fianchi stretti: un assetto che carica l'anteriore, per una più immediata confidenza con le performance della ciclistica e della più che convincente distribuzione dei pesi che predilige il corpo centrale della moto. E confidenza la MT-09 ne dà subito tanta, anche se per sfruttare in pieno il tre cilindri ci vuole una buona "manetta": potenza e soprattutto coppia sono esaltanti, gli inserimenti in curva facili e sicuri, il comparto frenante è sempre in perfetta sintonia con le prestazioni della moto, sia per potenza che modulabilità. Con il model year 2016 Yamaha ha inteso perfezionare le caratteristiche dinamiche della MT-09 aggiungendo il controllo di trazione che è disinseribile: le altre due modalità sono 1 per un intervento light e 2 per un intervento più deciso. L'azione del TCS nella prima fase avviene sull'anticipo; nel caso si insista con la manopola del gas in una situazione già critica passa a parzializzare la farfalla dell'iniettore tagliando l'alimentazione. Al TCS si aggiunge una migliore messa a punto del sistema D-Mode ovvero la possibilità di variare la mappatura della centralina: rimangono i tre livelli - standard, A (il più sportivo) e B (il più soft) - ma c'è meno brutalità nella risposta dei primi due, con un parziale addolcimento del fastidioso (e violento, soprattutto nella posizione A) on-off accusato fino ad oggi.
