Il motore bicilindrico parallelo a 8 valvole di 1.084 cc monoalbero (Unicam SOHC) della Rebel 1100 deriva da quello del CRF1100L Africa Twin, ma è stato modificato per donargli un carattere da maxi-cruiser. La potenza massima è di 87 CV a 7.000 giri/min con 98 Nm a 4.750 giri/min di coppia massima. Le sue dimensioni compatte (grazie alle origini ‘adventure’, con distribuzione Unicam e lubrificazione a carter semisecco) centralizzano la massa, e rendono il baricentro basso. Altre differenze riguardano il sistema di scarico, la fasatura della distribuzione e l’alzata delle valvole. Il motore è gestito da un acceleratore Throttle By Wire (TBW) e l’iniezione PGM-FI alimenta i corpi farfallati tramite un airbox da 7 litri. Il sound dello scarico è stato messo a punto per fornire fino ai 4.000 giri/min un impulso sonoro a bassa frequenza, attraverso il terminale a sezione ovale da 5,3 litri.
L'architettura è invariata rispetto all'Africa Twin; il basamento si divide verticalmente e la pompa dell'acqua è alloggiata all'interno del carter frizione con un termostato integrato nella testata. Le versioni manuale e DCT condividono il basamento con differenze esterne minime. Le vibrazioni secondarie sono neutralizzate dal movimento reciproco dei pistoni, mentre le vibrazioni primarie inerziali e di accoppiamento sono annullate dall'uso di contralberi biassiali. Le pompe dell'acqua e dell'olio sono azionate dai contralberi. Un sensore di posizione dell’albero motore – con denti relatori distanziati a intervalli di 10° - gestisce il rilevamento delle accensioni irregolari, fattore importante per la conformità Euro5. Per lo stesso motivo, sono presenti sensori LAF (Linear Air Flow) nei collettori, per fornire una misurazione accurata del rapporto di miscela aria/carburante.
L’acceleratore throttle by wire gestisce il motore e tramite esso interviene il controllo di trazione HSTC (Honda Selectable Torque Control) e il Wheelie Control. Ci sono 3 Riding Mode preimpostati:
- STANDARD offre un'impostazione intermedia per l'erogazione della potenza (P), il freno motore (EB), il Wheelie Control (W) e il controllo di trazione (T).
- RAIN offre un’impostazione dolce per l’erogazione di potenza (P) e per il freno motore (EB), abbinata a un alto livello di Wheelie Control (W) e controllo di trazione (T).
- SPORT offre un'impostazione di massima prontezza per l’erogazione della potenza (P), freno motore intermedio (EB), minimo Wheelie Control (W) e controllo di trazione (T).
Inoltre, c'è la modalità USER, che offre la possibilità di personalizzare le impostazioni e, una volta impostata, viene memorizzata in modo da non doverla reimpostare ogni volta che la si seleziona. Di serie è presente anche il cruise control.
In italia la CMX1100 Rebel arriverà nella sola versione con cambio DCT, gli schemi di cambio marcia del sono integrati ai 3 Riding Mode.