Uscito di scena lo storico rivale, il Mondiale del 1987 dovrebbe essere una formalità per Lawson, che invece termina il Campionato addirittura in terza posizione, battuto dall’australiano Wayne Gardner - diventato prima guida della Honda - e dal compagno di marca Randy Mamola, che lo precede di un solo punto con la Yamaha del Team Roberts. Eddie quell’anno vince cinque GP (Gardner invece sette e Mamola i restanti tre), ma paga caro le tre battute a vuoto in Giappone, Austria e Francia e soprattutto una moto non all’altezza della situazione nella prima parte della stagione. La Yamaha si fa perdonare nel 1988 mettendogli a disposizione una YZR che si adatta a meraviglia al suo stile di guida pulito, al punto che sembra viaggiare sui binari. Lawson va in testa alla classifica di Campionato dal secondo GP, quello di casa disputato sulla pista amica di Laguna Seca, e da lì non viene più scalzato, trovandosi vincitore del suo terzo titolo iridato già al termine del GP di Cecoslovacchia, a Brno nel mese di agosto, perché dopo l’annullamento dell’ultimo GP in calendario - quello di Argentina a Buenos Aires, cancellato per le insufficienti misure di sicurezza della pista - la matematica condanna il suo rivale diretto Wayne Gardner. Nel 1988 Eddie vince sette GP e non mostra alcuna indecisione: quando in Germania, sotto il diluvio del Nürburgring, capisce di non poter reggere il ritmo dei primi si accontenta del quarto posto e non prende rischi. L’unico brivido in tutta la stagione arriva durante le prove del GP di Jugoslavia, quando finisce a terra per un’incomprensione con il francese Patrick Igoa, lussandosi la spalla sinistra. Un infortunio dolorosissimo, che non gli impedisce però di prendere il via della gara e di terminarla in decima posizione, mettendo subito a tacere chi sperava di vedere riaperto il Campionato. Alla fine del 1988 si assiste al consueto siparietto con Agostini, che al momento del rinnovo del contratto dice, come negli anni precedenti, di non avere il budget sufficiente per ritoccare l’ingaggio di Lawson. Il pilota americano questa volta la prende malissimo, non ci sta ad essere trattato per l’ennesima volta come un pivello alla sua prima stagione iridata. E in più scopre il doppio gioco di Agostini, che ha trattato in gran segreto con Kevin Schwantz per strapparlo alla Suzuki e ha già in mano un pre-contratto firmato dal funambolico pilota texano, rivelazione della stagione appena conclusa. La risposta di Lawson è secca ed immediata e si concretizza con il suo clamoroso passaggio alla Honda, dove trova pronto ad accoglierlo Erv Kanemoto, il tecnico che aveva seguito ai box il suo rivale Spencer.
State connessi, presto il seguito (1989-1990), con l’anno in Honda e il ritorno in Yamaha nel team Roberts